西嶼為澎湖屏蔽，語出臺灣通史，自中國有史三國以還，隨、唐就有中國人經略跡象；迨至元，始設澎湖巡檢司，「西嶼頭」亦涵括在內，隸泉州晉江縣。昔日舟行澎湖，必繞循本島航駛，每到西流海面之旋渦流域，激流澎湃，必先經西嶼頭，停泊內垵沙灣，拜祭觀音、媽祖，祈求保佑航行平安，添加淡水並問知水性，始發帆入馬公港，或轉駛臺灣，為先史時代，大陸渡海至臺灣之中途站。 

光復後，臺灣省行政長官公署公佈臺灣省縣政府及省轄市組織規程，縣下設鄉鎮村里，村內按戶編鄰，初期設八村，為：合橫村（合界村、橫礁），竹灣村（竹篙灣，小門），大二村（大池角、二崁），池東村、池西村（小池角分為二村），赤馬村（緝馬灣），內垵村（內垵），外垵村（外垵），並於民國三五年一月舉行公民宣誓，設村民大會。民國二九年，臺灣省政府公佈「臺灣省各縣市實施地方自治綱要」，實施地方自治選舉迄今。雖選舉法規屢次修改，至七四年修正達十一次，惟西嶼鄉村莊，為地方自然聚落，自昔少有變動，至今仍然界址分明，循天然地形毗鄰而居；小門原為一離島，昔名丁字門嶼，民國七二年承前總統李登輝榮任省主席時德政，允建跨海小門橋，使本鄉行政區域歸為完整，交通往來賴以暢行無阻。