在植物生態方面，西嶼種樹主要以耐風、耐鹽、耐旱之植物為主。在島上的原面或山坡主要為草原，以禾科為主，常見的有牛筋草、狗尾草、龍爪茅、孟仁草等，在禾草較少的地表，則有天人菊，或是澎湖大豆、土丁桂、風揚草等植物，而樹木則相對稀少，以綠珊瑚、蘆薈、仙人掌、林投、銀合歡等樹種為主。在聚落內，則有草海洞、夾竹桃、龍舌蘭、榕樹、南洋杉的栽種。由於西嶼的喬木受環境限制較不易生長，因此，西嶼目前的樹相當少，使得西嶼夏季因缺乏遮陰而略顯酷熱。