在動物資源方面，小門嶼劃有漁業資源保育區、竹灣有鄉網養殖、內垵有海洋牧場。西嶼周邊海域的底棲魚類以魚旨科的魚種數目最多，其他高經濟價值的魚類如鯛科、笛鯛科、龍占科及石鱸科之魚類，總類也相當多。在沿岸礁岩附近海域則以隆頭科魚種為主，其次為碟魚及雀鯛科。這些魚類體型較小，色澤非常鮮豔，有極大的潛力可以發展浮潛及沉潛的水上活動。浮游性魚類則以馬參科為主。海中甲殼類則已有斑節蝦、砂蝦、龍蝦、竹節蝦、蟳為主。 

而鎖管亦為西嶼之大宗漁產，以田鄉鎖管、台灣鎖管、透抽、尖仔、軟絲仔之數量較多，夏季為盛產期。海中則有寄居蟹、寄生蝦、多毛蟹、海綿、海兔、海膽等等生物。